RSUD Junjung Besaoh juga memiliki Incinerator, yaitu alat yang dirancang untuk membakar limbah pada suhu tinggi hingga menjadi abu. Proses ini tidak hanya mengurangi volume limbah secara signifikan tetapi juga menghilangkan sifat berbahaya dari limbah tertentu. Fungsi utama incinerator adalah untuk mengolah limbah yang sulit diolah dengan metode lain seperti limbah medis, limbah berbahaya, dan sampah.